ジャンヌはハルト王国の小さな農村で暮らす普通の女の子。彼女は毎日、畑に向かうだけの変化のない日々を送っていた。
幼馴染のアベルが王都から戻ってきたそんなある日、突然、事件は起こる。
謎の男アディに連れられるがまま、とある山奥へとやってきたジャンヌ。
そこで待っていたのはイヴと名乗る美女と、シードルという少年だった。２人はアディの家族だと言うが……
アディが掲げる理想を知り、少しずつ自分の置かれた立場を理解し始めてきたジャンヌ。
新たな仲間ノインと合流し、ますます賑やかになった一行は、クロス教総本山アークを目指す。
神の子・ジゼルに出会うため、酒場に向かったジャンヌたち。しかし酒乱と化したジゼルに襲われ……！？
なんとか難を逃れたジャンヌとシードルは、夜の広場で稽古をすることに。そこでジャンヌが聞いたのは、シードルの過去だった。
クロス教総本山、アークの教会に到着した一行。少しずつ打ち解けていくジャンヌとアディの様子を、イヴは複雑な気持ちで見守っていた。
そんな彼女のもとに、背後から忍び寄る影が……
ハルト王国軍の不穏な動きを察知したアディは、すぐにアークを出ることを決意する。しかし彼らを待ち受けていたのはアベル、シグマ、エレオノール率いるハルト軍の姿だった。
ついにジャンヌは、憧れの幼馴染アベルと剣を交える……！！
謎の露天商・ザズーが新しく仲間となり、ジャンヌ達は「悪魔の村」にたどり着いた。
そこで出会ったのは自らを「天使」と名乗る少年クロノ。村で過ごす平和な時間に安堵していたジャンヌだったが……
村の書庫にこもり、いまだ謎多き"女神ノア"と"神の子"についての古書を探していたアディは、ふと目に留まった《とある少年の日記》の中でシグマに関する記録を見つける。
... とある少年の日記
シグマたちの強襲により命の危機に瀕するジャンヌ。そんな絶体絶命の状況に現れたのは、謎の少女・フロウだった。
彼女の力でなんとかその場を切り抜けた一行であったが……
... 私が死んだ理由
アディはジャンヌを安全な場所に移すため、異国の地「東の国」への移住を考えていた。
ロザリオ大陸、最東部ウィニア帝国領アウリオンの街で、一行はアディの古い友人である紋章術師・フィーナと出会う。
旅の中で芽生えた想い―― ついにジャンヌは自分の気持ちをアディに伝えた。
道中出会ったのはアディの古い友人、リザ。案内を申し出てくれた心強い味方の登場に一同は安堵するのだった。
"不老不死"……人とは違う時の流れを生きる"神の子"、そして"天使"。ジャンヌとクロノは同じ境遇を持つ者として、静かに心を通わせていた。クロノのことを気に掛けるジャンヌに、ザズーはあるお願いをする。
ノインが市場で助けた女性・ルーアン。彼女もまた、歴代の神の子の一人であった。自由奔放・天真爛漫にふるまうルーアンに振り回されながら、旅はますます賑やかに。
一方、ノインとジゼルは神の子のとある矛盾に気付き始めていた。
山奥の小さな小屋で暮らす医師・オリアナ。同じ神の子として、彼女はジャンヌにひとつの忠告を送る。
その頃、アディはフロウと初めて深く対話を交えていた。そんな二人の前に、不気味な影が現れて……
アディとフロウの前に現れた紅い瞳を持つ謎の少女、キラとミラ。嘲弄するかのような二人の態度と挑発に、フロウは弓を構える。
ルーアンの励ましを受けたジャンヌはアディを探すべく、森へと向かうが……
フロウ、キラとミラ。三人の口から語られたのは、女神ノアが生きた時代の歴史。
アディはついに神の子に隠された真実、そして、自身に課せられた運命を知る。
アディとフロウが抱き合う姿を目撃してしまったジャンヌ。息もできなくなるような苦しさを胸の内に秘めたまま、明るくふるまう事しかできなかった。
そんな彼女を見かねたクロノが、フロウを呼び出すが……
